Родился 19 ноября 1972 г. в Ростове-на-Дону в семье священника.
По окончании школы учился в Ростовском строительном техникуме.
В 1990 г. поступил в Минскую духовную семинарию.
21 сентября 1992 г. в кафедральном соборе Ростова-на-Дону епископом Азовским Сергием, викарием Ростовской епархии, рукоположен во диакона. Нес послушание в храме Азовской иконы Божией Матери г. Азова Ростовской обл.
6 июня 1993 г. в кафедральном соборе г. Ростова-на-Дону митрополитом Ростовским и Новочеркасским Владимиром (Котляровым) рукоположен во пресвитера. После назначения штатным священником храма Вознесения Господня г. Ростова-на-Дону продолжил обучение на заочном отделении Московской духовной семинарии.
11 апреля 1994 г. архимандритом Модестом (Потаповым) пострижен в монашество с наречением имени Митрофан в честь свт. Митрофана Воронежского.
19 июля 1994 г. назначен на должность эконома и келаря в Свято-Донской Старочеркасский мужской монастырь.
В 1995 г. окончил Московскую духовную семинарию.
19 апреля 1995 г. удостоен права ношения набедренника.
13 октября 1997 г. принят в клир Санкт-Петербургской епархии и назначен на должность исполняющего обязанности настоятеля Иоанно-Богословского Череменецкого мужского монастыря.
8 апреля 1998 г. удостоен права ношения наперсного креста.
3 июля 1998 г. утвержден в должности настоятеля Иоанно-Богословского Череменецкого монастыря с возведением в сан игумена.
29 марта 2004 г. удостоен права ношения палицы.
В 2007 г. окончил Санкт-Петербургскую духовную академию.
15 апреля 2008 г. награжден крестом с украшениями.
В сентябре 2009 г. назначен председателем отдела реставрации Санкт-Петербургской епархии.
Решением Священного Синода от 12 марта 2013 г. избран епископом Гатчинским и Лужским.
15 марта 2013 г. митрополитом Санкт-Петербургским Владимиром (Котляровым) в храме Тихвинской иконы Божией Матери резиденции митрополита Санкт-Петербургского и Ладожского на Каменном острове в Санкт-Петербурге возведен в сан архимандрита.
В тот же день в храме Всех святых, в земле Российской просиявших, Патриаршей резиденции в Даниловом монастыре в Москве наречен во епископа. Хиротонисан 23 марта за Божественной литургией в храме святителя Николая Чудотворца в Хамовниках в Москве. Богослужения возглавил Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл.