Постоянный член Священного Синода Русской Православной Церкви.
Родился 3 июня 1955 г. в с. Малиновка Аркадакского р-на Саратовской обл. Происходит из многодетной крестьянской семьи.
В 1972 г. окончил Малиновскую среднюю школу, в 1973-1975 гг. проходил службу в рядах Советской армии.
В ноябре 1975 г. после демобилизации из армии устроился алтарником в Михаило-Архангельский собор г. Сердобска Пензенской области, где настоятелем был один из самых заметных клириков Пензенской и Саранской епархии архимандрит Модест (Кожевников, в схиме Михаил).
В 1976-1979 гг. обучался в Московской духовной семинарии.
В октябре 1977 г. принят послушником в братство Троице-Сергиевой лавры. 30 марта 1978 г. наместником лавры архимандритом Иеронимом (Зиновьевым) пострижен в монашество с наречением имени Варсонофий в честь святителя Варсонофия, епископа Тверского. 27 апреля того же года архиепископом Дмитровским Владимиром (Сабоданом) рукоположен в сан иеродиакона, 26 ноября 1978 г. им же — в сан иеромонаха, а в 1982 г. возведен в сан игумена. В лавре нес послушание помощника ризничего и помощника благочинного.
В 1982-1986 гг. обучался в Московской духовной академии, защитил кандидатскую диссертацию по истории Афона.
Во время обучения в Московских духовных школах каникулярное время ежегодно проводил в Пюхтицком монастыре в Эстонии, где не раз сослужил митрополиту Таллинскому и Эстонскому Алексию, будущему Святейшему Патриарху Московскому и всея Руси.
После окончания МДА по просьбе епископа Пензенского и Саранского Серафима (Тихонова) направлен на пастырское служение в Пензенскую епархию.
С 15 сентября 1986 г. по 15 июня 1988 г. был настоятелем Казанской церкви г. Кузнецка Пензенской обл., а с 15 июня 1988 г. по 7 февраля 1991 г. — настоятелем Успенского собора г. Пензы, секретарем Пензенского епархиального управления.
В 1987 г. возведен в сан архимандрита.
В 1988 и 1990 гг. был участником Поместных Соборов Русской Православной Церкви.
Это было время начала возрождения церковной жизни после семи десятилетий гонений. Храмы стали возвращаться Церкви, повсеместно прошли торжества по случаю юбилея 1000-летия Крещения Руси. После этого юбилея количество приходов и число верующих стало возрастать. Встал вопрос о выделении приходов Мордовии из состава Пензенской епархии и образовании самостоятельной Саранской и Мордовской кафедры, а также о кандидатуре архиерея на эту кафедру. Выбор Святейшего Патриарха Алексия II и Священного Синода по рекомендации архиепископа Серафима пал на архимандрита Варсонофия.
8 февраля 1991 г. рукоположен в архиерейский сан семнадцатью епископами в г. Москве и 15 февраля прибыл в Саранск.
В феврале 2001 г. возведен в сан архиепископа.
Возглавляя различные паломнические группы, более десяти раз побывал в Святой земле, семь раз на Святой горе Афон, четыре раза в Египте, два раза в Италии, один раз на Кипре и т.д. Совершал многократно Божественные литургии на Голгофе и у Гроба Господня, в храме Рождества Христова в Вифлееме (Палестинская Автономия), в храме Преображения Господня на Святой горе Синай, в монастыре святой великомученицы Екатерины, в монастырях Афона — Пантелеимоновском, Зографском, Хилендарском и в лавре преподобного Афанасия, в древнем Киккском монастыре на Кипре, молился у мощей святителя Николая, Мир Ликийских Чудотворца, в г. Бари.
Определением Священного Синода от 31 марта 2009 г. назначен исполняющим обязанности управляющего делами Московской Патриархии.
В 2009-2013 гг. — председатель Наградной комиссии при Патриархе Московском и всея Руси.
Решением Священного Синода от 25 декабря 2009 г. утвержден в должности управляющего делами Московской Патриархии.
Во внимание к усердному служению Церкви Божией и в связи с назначением управляющим делами Московской Патриархии — постоянным членом Священного Синода — возведен 1 февраля 2010 г. в сан митрополита.
С 22 марта 2011 г. — член Высшего Церковного Совета Русской Православной Церкви.
С мая по октябрь 2011 г. временно управлял новообразованной Ардатовской епархией.
Решением Священного Синода от 5-6 октября 2011 г. назначен главой новообразованной Мордовской митрополии.
Решением Священного Синода от 4 октября 2012 г. утвержден в должности настоятеля (священноархимандрита) Иоанно-Богословского мужского монастыря с. Макаровка Октябрьского р-на г. Саранска Республики Мордовия.
Решением Священного Синода от 19 марта 2014 г. назначен Преосвященным Санкт-Петербургским и Ладожским, главой Санкт-Петербургской митрополии, постоянным членом Священного Синода с временным сохранением должности управляющего делами Московской Патриархии.